La Ley de Protección a la Infancia y de Integración Familiar, fue aprobada en 1961 por el Poder Legislativo,, con el cual Instituto de Protección a la Infancia del Estado de México (IPIEM), amplió sus funciones dando marcha a nuevos planes de asistencia social y consolidando sus actividades prioritarias.
Una de ellas fue la construcción del Hospital para el Niño, un hospital concebido como una unidad de servicio para tres niveles, conocidos como prevención, curación y rehabilitación de enfermedades infantiles.
La idea de creación del Hospital para el Niño se debe a la Sra. Consuelo Rodríguez de Fernández, por su anhelo de proteger al niño. Por otra parte, la Ciudad de Toluca carecía de un servicio médico que resolviera las demandas de los niños enfermos sin seguridad social.
El Gobernador Juan Fernández Albarrán, esposo de la Señora Consuelo Rodríguez, en su tercer informe afirmó: "desde este momento, me hago cargo de construir el Hospital para el Niño".
El Hospital para el Niño fue inaugurado el 15 de noviembre de 1968, dependiente del entonces Instituto de Protección a la Infancia del Estado de México (IPIEM).
Al abrir sus puertas oficialmente contaba con 14 sub-especialidades, 165 camas, banco de sangre, banco de leche, laboratorio clínico y de patología, gabinetes de encefalografía, electromiografía, electrocardiografía y radiología, central de equipos y esterilización, quirófanos, farmacia, archivo clínico y bioestadística.
Respecto a recursos contaba con 26 médicos especialistas, 7 residentes, 8 enfermeras tituladas, 56 auxiliares de enfermería y 14 técnicos profesionales, además de los directivos y personal administrativo: en total laboraban 192 personas, siendo el primer Director el Dr. Alberto Amor Villalpando.
De 1969 a 1972 siendo director el Dr. Héctor Carvajal Mota, fue editado un manual de organización y de procedimientos de los departamentos con el fin de regular las actividades médicas que entonces brindaba el hospital.
En el campo de la Enfermería, en 1969 el hospital creó la Escuela de Auxiliares de Enfermería con la autorización de la Dirección de Educación Pública del Gobierno Estatal.
Para el área de rehabilitación, el hospital albergó el Centro de Rehabilitación Isabel Negrete de Gutiérrez Dosal, este centro daba servicio de diagnóstico y tratamiento a niños con secuelas invalidantes, su margen de atención incluía electroterapia, hidroterapia, mecanoterapia y prótesis.
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1975
Personal y equipo dieron origen al Centro de Rehabilitación y Educación Especial, conocido como CREE con ámbito de atención más amplio.
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1980
En la administración del Dr. Horacio Almada Félix, las cátedras de enfermería dieron origen a la presente Escuela técnico Profesional del DIFEM, con aval de la Secretaria de Educación Cultura y Educación Social.
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1982 a 1985
Siendo director el Dr. Arturo Flores Pérez, se reestructuró el área de Urgencias, se proporcionó mobiliario al hospital, se llevo a cabo la creación del área de anatomía patológica, las área de quirófano y enseñanza se modificaron, se inició con la cirugía ambulatoria, rayos X y banco de sangre se ampliaron, fue inaugurado el Albergue Familiar para dar un espacio donde durmieran los familiares de pacientes hospitalizados procedentes de lugares lejanos.
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1985 a 1987
En la administración del Dr. Rubén Cuevas Valdés, se instalaron los servicios de Hidratación Oral, Inhaloterapia y Terapia Intensiva Pediátrica.
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1988 a 1989
Siendo director el Dr. Josué Lozano Tamez, comenzó a funcionar el banco de córneas con la finalidad de ofrecer un servicio para donación y trasplante de estos tejidos a personas de escasos recursos.
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1980 a 1992
En la Administración del Dr. Alfredo Vigueras Rendón, fue creada una nueva organización con el fin de dar mejor funcionalidad al hospital, fundándose comité para el estudio de problemas específicos de infecciones nosocomiales, mortalidad, banco de sangre, trasplante de órganos y tejidos, enseñanza e investigación que ayudaron a optimizar el servicio pediátrico. Se recibió apoyo económico de dos aparatos, el del Patronato de Promotores voluntarios del Estado de México y el correspondiente del Hospital para el Niño de reciente construcción se gestionaron donaciones de la iniciativa privada.
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1992 a 1998
En la administración del director Dr. José Edgar Naime Libien, se reinaugura el Hospital para el Niño el día 02 de julio de 1991, estando como Presidenta del DIFEM, la Lic. Julieta Lechuga de Pichardo.
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1998 a 1999
Siendo director el Dr. Daniel Hernández Arrazola, se inauguró en el área de urgencias la Unidad de Choque el 17 de julio de 1998, se llevó a cabo la homologación de sueldos del personal médico y paramédico del hospital.
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De 1999 a febrero del 2006
En la administración del Dr. Jorge Federico Flores Morón, da inicio al proceso de certificación con el comienzo de la elaboración de manuales de organización y procedimientos administrativos de los diferentes departamentos y servicios.
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20 de febrero del 2002
A través de la Dirección del Hospital para el Niño, se adquiere una Bomba de Circulación Extracorpórea, que fue donada por los diputados del Estado de México, e inicio la primera cirugía a corazón abierto el Dr. Jorge Federico Flores Morón, Director del Hospital y Cirujano Cardiovascular, con la paciente Lilia Mendoza Rosales con diagnóstico de Comunicación Interauricular (CIA).
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2002
En la administración del Lic. Arturo Montiel Rojas y ante la necesidad de contar en el Estado de México, con instituciones de atención especializada en materia de salud de tercer nivel, el ejecutivo instruyó al órgano de gobierno del Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de México, y la Secretaría del Gobierno Estatal, a realizar acciones conjuntas para desincorporar en un Organismo Público Descentralizado, los servicios de salud que ofrecía el DIFEM, a través de los hospitales de Ginecología y Obstetricia, para el Niño y el Centro de Especialidades Odontológicas.
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1ro de diciembre del 2001
Se publicó en la gaceta de gobierno el código administrativo del Estado de México a través del cual se formalizó la creación del Instituto Materno Infantil del Estado de México, como un organismo público descentralizado con personalidad jurídica y patrimonios propios cuyo objetivo es la investigación, enseñanza y prestación de servicios de alta especialidad en el rubro de materno infantil. Cabe señalar que este ordenamiento entró en vigor 90 días naturales después.
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2006-2013
Durante la gestión del Dr. Próspero Eduardo Chávez Enríquez se da inicio a la acreditación de la certificación de calidad de los servicios de salud en el Hospital para el Niño, se construye la Torre de Pacientes Hematooncologícos remodelación de la área digna de espera para familiares de pacientes, se realiza trasplantes renales, se incorpora el Hospital para el Niño al "Programa Smile Train" además se amplia y remodela el área física de terapia cardiovascular así como se adquiere equipo médico:
- Tomógrafo
- Endoscopios
- Monitores
- Incubadoras
- Camas de calor radiante
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Octubre 2013 a septiembre 2015
Se implementa la clínica de cuidados paliativos. En el último trimestre del 2015 se consigue la certificación en cirugía pediátrica otorgada por el Consejo Nacional de Cirugía Pediátrica y se establece la Clínica de Cirugía Colorectal.