La Dirección de Enseñanza e Investigación tiene como objetivo el planear, diseñar, implementar y evaluar programas de enseñanza e investigación continua, que coadyuven a la formación de capital humano de alta especialidad, orientados a fomentar el desarrollo científico a partir de líneas específicas y definición de estrategias en materia de salud. En materia de enseñanza, capacitación e investigación, el IMIEM forma parte del Comité Interinstitucional para la Formación, Capacitación de Recursos Humanos e Investigación para la Salud (CIFRHIS) Estado de México.