La preocupación por la atención al menor, a la mujer y a la familia en el Estado de México quedó formalmente establecida en 1954, cuando la Legislatura local, por iniciativa del gobernador Salvador Sánchez Colín, promulgó el decreto por el cual se aprobó el Código del Instituto de Protección a la Infancia por el Estado de México (IPIEM), primer acontecimiento jurídico en su tipo a nivel nacional y el segundo en América Latina.
Esta nueva ley fundamentó la obra realizada por la señora Consuelo Rodríguez de Fernández Albarrán, quien durante su gestión al frente del IPIEM, inició en 1963 el complejo arquitectónico del organismo que hoy alberga las oficinas del DIFEM, que incluyó los hospitales para el Niño y de la Mujer.
En 1977, el IPIEM se transformó en el Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de México (DIFEM).
La atención a la salud constituye un reto de grandes proporciones en una población con una amplia diversidad social, económica y geográfica a la que se suma una importante presión por el acelerado crecimiento demográfico y el proceso de transición epidemiológica avanzada, lo que ha condicionado la necesidad de contar en el Estado de México con instituciones de atención especializada en materia de salud de tercer nivel. El titular del Ejecutivo Estatal instruyó al Órgano de Gobierno del Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de México (DIFEM) y a la Secretaría de Salud del Gobierno Estatal, realizar acciones en forma conjunta para desincorporar, en un organismo público descentralizado, los servicios de salud que ofrecía el DIFEM a través del Hospital de Ginecología y Obstetricia, del Hospital para el Niño y el Centro de Especialidades Odontológicas.
El 13 de diciembre de 2001 se publicó en la Gaceta del Gobierno el Código Administrativo del Estado de México, a través del cual se formaliza la creación del Instituto Materno Infantil del Estado del México como un organismo público descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propio, cuyo propósito fundamental es promover y desarrollar investigaciones científicas y tecnológicas en las áreas biomédica, clínica, sociomédica y epidemiológica, para coadyuvar en la comprensión, prevención, diagnóstico y tratamiento de las patologías que aquejan a la población mexiquense, así como formular y ejecutar programas de estudio y cursos de capacitación, enseñanza, especialización y actualización, favoreciendo la formación profesional de recursos humanos calificados y la prestación de servicios de atención médica de alta especialidad, en las áreas de ginecología, obstetricia, pediatría y estomatología, en beneficio de la población carente de algún tipo de seguridad social.
Para la consecución de su objetivo, el Instituto cuenta con tres Unidades Médicas sustantivas, siendo éstas el Hospital de Ginecología y Obstetricia, el Hospital para el Niño y el Centro de Especialidades Odontológicas, las que otorgan servicios médicos de segundo y tercer nivel.